Una laguna de agua azul que impresiona por su increíble profundidad y transparencia, la Laguna Misteriosa está ubicada en el fondo de un pozo de 75 metros de profundidad. El tipo de formación geológica de las zonas kársticas es similar a un agujero, totalmente cubierto por vegetación leñosa y rodeado de bosques. 

De 6 pies de profundidad, la Laguna Misteriosa es considerada una cueva de génesis freática, que es una cavidad formada por el flujo de agua de la napa freática, con la más profunda cueva inundada en Brasil, llegando a más de 220 metros de profundidad, registro realizado por Gilberto Menezes de Oliveira en 1998. 

Debido a las diferentes cavidades de la región de Sierra de Bodoquena, como la Laguna Misteriosa, el Anhumas Abismo, Gruta del Mimoso, el Agujero de Abejas, Naciente del Taquaral, entre otros, Sierra de Bodoquena es considerado como un hito en Brasil para la práctica del buceo en cuevas y uno de los mejores lugares para el desarrollo de esta actividad. 

Cerrada para visitas turísticas desde el año 2005, debido a la falta del Plan de Gestión de Espeleología, un documento que incluye la evaluación ambiental de la zona y establece las pautas para su manejo y conservación. En ese mismo año, el área fue adquirida por el Grupo Rio da Prata, responsable de los atractivos Recanto Ecológico Rio da Prata y Estância Mimosa, que inició los estudios ambientales necesarios para el Plan de Gestión, que jugará la operación turística siguiendo las mismas pautas para el cuidado de la calidad y la sostenibilidad que llevó a esos paseos a recibir varios premios nacionales. 

El Plan de Manejo Laguna Misteriosa Espeleológica se completó en 2009, por un equipo multidisciplinar de 15 investigadores y se presentó al Centro Nacional de Investigación y Conservación de Cavernas CECAV / ICMBio que entregó el IMASUL / MS en 2010 un dictamen técnico que se aprueba el Plan de gestión de Espeleología Laguna Misteriosa, con recomendaciones para la autorización de la cavidad. 

En abril de 2009 una audiencia pública se celebró en Bonito, promovida por la Fiscalía de Bonito, que estaba a punto de la licencia ambiental de las cuevas turísticas de la Serra da Bodoquena. Esta audiencia reunió a los IMASUL, CECAV / ICMBio / IBAMA y el comercio de turismo local, con el fin de aclarar para las administraciones públicas, los procedimientos necesarios para la apertura y operación de pozos con potencial para el turismo. 

Como resultado, se estableció que las licencias ambientales de las cavidades turísticas se convirtió en la responsabilidad de la agencia estatal de licencias que actualmente se encuentra IMASUL - Instituto de Medio Ambiente de Mato Grosso do Sul. Así, en 2010 publicó el IMASUL SEMAC la Resolución N º 24/2010 que estableció procedimientos para la licencia ambiental de actividades turísticas en las cavidades naturales en el estado de Mato Grosso do Sul. Esta resolución fue muy importante para el turismo de Bonito y Jardim, ya que permitirá que las cavidades vuelven a tornarse puntos turísticos. 

Así, en 2011, después de seis años cerrada a las visitas turísticas, la Laguna Misteriosa finalmente vuelve a funcionar, ofrecendo paseos a caballo y Float, buceo y submarinismo técnico.